しかし、アフレックを真に監督界のトップに押し上げたのは『アルゴ』だった。2012年に公開された『アルゴ』は、1979年のイラン人質事件におけるCIAの作戦の実話に基づいている。アフレックは監督だけでなく、主演も務め、CIAエージェントのトニー・メンデスを演じた。この映画は、政治的緊張とハリウッド流の救出劇の要素を巧みに融合させている。救出劇を隠蔽するために偽の映画製作を行うというストーリーは、スリリングでサスペンスフルな作品だった。当時の細部まで再現された当時の描写から、空港での緊迫感あふれるラストシーンまで、そのリアリティは高く評価された。

2013年、『アルゴ』は第85回アカデミー賞で作品賞を受賞し、アフレックのキャリアにおいて重要な節目となりました。俳優としてのキャリアにおいて、彼はこれまで挫折を経験し、「興行的に不利な作品」と評されてきたため、この受賞は彼にとって目覚ましい復活劇となりました。『アルゴ』によって、ベン・アフレックは売れない俳優から尊敬を集める監督へと変貌を遂げ、映画界におけるその実力を証明しました。